Roman Fluegel i Joern Elling Wuttke nawiązali współpracę w końcówce lat 80-tych, kiedy obaj mieli na koncie doświadczenie zebrane podczas występów w innych, przeróżnych zespołach. Razem z DJami Ata i Heiko Mso założyli trzy labele – Ongaku, Klang Elektronik oraz Playhouse. Wydali w nich kilka singli, a także album, pracując pod pseudonimem Acid Jesus. Tego samego roku zmienili nazwę projektu na Alter Ego oraz stworzyli kolejny label, Sensorama, dla bardziej ambitnych produkcji. Ich pierwsza płyta ukazała się jednak w wytwórni Svena Vatha, Harthouse, w roku 1994. Był to niemały sukces, co zaowocowało powstaniem wielu remixów, a także konsekwentnie – wydaniem kolejnego albumu, „Decoding the Hacker Myth”, który w Wielkiej Brytanii był promowany przez występy w wielu miastach (live-acty). Następnie przyszedł czas na promocję w innych zakątkach świata, w wyniku czego odbyły się występy w Hiszpanii, Szwajcarii, Niemczech, Belgii i Japonii. W 1997 roku, członkowie Alter Ego wydali swój ostatni singiel w wytwórni Vatha, pod tytułem „Absolute”, gdyż postanowili skupić się na jednym z własnych labeli – Klang Elektronik. Kolejne produkcje, które się pojawiały, to „Betty Ford” (1999), „Slaghterhouse” (2000), „Transphormer” (2002). W 2004 roku światło dzienne ujrzał utwór „Rocker”, będący przedsmakiem nowego albumu pod tytułem „Transphormer” (tak jak wcześniej jeden z singli). Promo singiel zrobił oszałamiającą karierę na całym świecie oraz skupił uwagę showbiznesu na projekcie Alter Ego. W wielu magazynach branżowych pojawiały się pochlebne opinie, nominacje oraz wyróżnienia. Oczywiście, jak to bywa w tej dziedzinie muzyki, nie brakowało ofert współpracy oraz tworzenia remixów. W 2007 roku pojawił się kolejny album, „Why Not?!”, który był mieszanką minimal/tech z housem.